استفاده از روشهای یادگیری ماشین برای تطبیق دنباله های بیولوژیکی

thesis
abstract

یکی از مهمترین موضوعات مورد بررسی در زیست شناسی و بیواینفورماتیک، مسئله مقایسه و تطبیق دنباله های زیستی است. مدل مخفی مارکوف یکی از الگوریتم های یادگیری ماشین می باشد که در زیست شناسی محاسباتی کاربرد فراوانی دارد. در این پایان نامه، ساختار مدل مخفی مارکوف و کاربرد آن در هم ترازی و خوشه بندی دنباله های زیستی مورد بررسی قرار گرفته است. از آنجایی که مدل مخفی مارکوف یک ابزار قوی برای یافتن شباهت بین داده های ترتیبی با طول های متغیر است، برای خوشه بندی دنباله ها، از آن استفاده شده است. در روش ارائه شده، هر دنباله زیستی بوسیله یک مدل مخفی مارکوف که با الگوریتم بهینه سازی گروه ذرات بهینه شده، مدل می شود. سپس با استفاده از پارامترهای بدست آمده، خوشه بندی بر مبنای یک تعریف جدید از ماتریس فاصله، انجام می شود. بهینه سازی پارامترهای مدل مخفی مارکوف با استفاده از الگوریتم جستجوی گرانشی نیز صورت گرفته است. در نهایت هم ترازی دنباله ها، با استفاده از روش خوشه بندی پیشنهادی و پروفایل مدل مخفی مارکوف، انجام می گیرد. آزمایش های انجام شده برروی دنباله های زیستی نظیر ژن ها نشان می دهد که الگوریتم پیشنهاد شده می تواند در انجام مقایسه بین دنباله های زیستی، بصورت بسیار کارامد و موثر، بکار گرفته شود.

First 15 pages

Signup for downloading 15 first pages

Already have an account?login

similar resources

مدل‌سازی بهینه رضایت‌مندی بیمار از پزشک مبتی بر روشهای یادگیری ماشین

Health has always been one of the most important concerns of human. The goal in this research is to know what factors cause and affect patient satisfaction in the relationship between a physician and patient. Since this relationship is a form of healthcare service, the SERVQUAL service quality assessment method has been used as a framework. However the questions have been reviewed based on the ...

full text

دسته‌بندی کور کدهای فضا-زمان با استفاده از یادگیری ماشین

مهم‌ترین خصوصیتی که شناسایی کور کدهای فضا-زمان را از سایر انواع شناسایی کور مخابراتی متمایز می‌کند این است که برای نفوذ در بسیاری از سامانه‌های مخابراتی مدرن که از روش‌های ارسال و دریافت چندآنتنی استفاده می‌کنند، اولین قدم شناسایی کور کد فضا-زمان به‌کاررفته است. در این مقاله، دسته‌بندی کور در مجموعه وسیعی از کدهای فضا-زمان با استفاده از ابزارهای یادگیری ماشین مورد بررسی قرار گرفته است. از آنجا ...

full text

کاربرد نوین ترکیب روشهای بیولوژیکی و فیزیکی برای حذف نیترات و نیتریت از آب

زمینه و هدف: وجود مقادیر بیش از حد مجاز نیترات و نیتریت در آب می­تواند سبب بروز بیماری­هایی در انسان و ایجاد مخاطراتی در چرخه رشد حیوانات و گیاهان گردد. هدف از این مقاله ساخت پایلوتی به منظور حذف یون نیترات و نیتریت موجود در آب نمونه ورودی (حاوی غلظت بالای نیترات) از طریق ترکیب روش های بیولوژیکی و فیزیکی می باشد.لازم به ذکر است که امکان صنعتی شدن، ارزان و در دسترس بودن مواد مورد استفاده در این ...

full text

تحلیل نوسان قیمت سهام شرکت های بورس اوراق بهادار تهران با استفاده از روش یادگیری ماشین

تغییرات قیمت سهام یکی از مهم‌ترین موضوعات مورد توجه هر سرمایه‌گذار است. سرمایه‌گذارانی که با اهداف بلند مدت نیز سرمایه‌گذاری می‌کنند به نوعی به قیمت سهم و تغییرات آن حساس و از خود واکنش نشان می‌دهند. تغییرات قیمت یک منبع مهم اطلاعاتی و مؤثر در ارزیابی وضعیت بنگاه‌ها. ارزیابی تطبیقی با سایر واحدها. ارزیابی کارآیی میران و از همه مهم‌تر مؤثر بر تصمیمات سرمایه‌گذاران است. هدف پژوهش پیش‌بینی نوسان ق...

full text

کارورزی یادگیرنده محور؛ تطبیق روشهای نوین یادگیری و آموزش در مددکاری اجتماعی

نظریه رشد شناختی ویگوتسکی که به نظریه اجتماعی- فرهنگی رشد شهرت دارد، یکی از نظریه‌های سازنده گرایی است که بر تأثیر قابل توجه کنش متقابل میان یادگیرنده و محیط اجتماعی اش در رشد شناختی تأکید می‌نماید. از سوی دیگر روش یادگیرنده محوری که نظریه ویگوتسکی زیربنای تئوری آن را تشکیل می‌دهد، مهمترین نوع آموزش مبتنی بر نظریه‌های سازنده گرایی شناخته می‌شود. در این مقاله پس از مرور نظریه سازنده گرایی و روش ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه بیرجند

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023